Dans le souci de répondre aux besoins en ressources humaines et scientifiques les plus qualifiées, un groupe d'intellectuels et d'hommes d'affaires burundais s'est mobilisé pour créer l'East African Leadership Institute (EALI).

L'EALI a obtenu l'autorisation de démarrer ses activités suite à l'ordonnance ministérielle n° 610/1760 du 19 septembre 2016. EALI est créé sous le couvert de l'Association Sans But Lucratif (ASBL) dénommée Centre Régional pour la Formation et le Développement Intégré (CRFDI), agréée par Ordonnance Ministérielle n°530/391 du 16 mars 2015 du Ministre de l'Intérieur.

L'université a démarré avec deux programmes de formation : une formation de trois ans avec deux facultés (FSEG et FST), et une formation professionnelle de deux ans avec un Institut Supérieur de Gestion et Comptabilité.